Scorrendo i livelli il giocatore raccoglierà i vari ingredienti in cui potrà fabbricare armi: shuriken, veleni, elisir, granate, mine, oltre all'arma principale la Katana, il Ninjato e il Kusarigama. Alla fine di ogni livello il gioca. Pixel Shinobi è un gioco nel genere stealth e platform con elementi di gioco di ruolo, in cui il giocatore interpreta lo Shinobi (Ninja). Il giocatore può acquisire esperienza quando uccide i nemici e alla fine essere in grado di sbloccare ninjutsu più avanzati.
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